突然出现在火星附近的被称为「破灭之星」的巨大的能量堆积体。

其影响甚至波及到了地球，致使异常气象与地壳变动发生。

以此为契机各地勃发战争与恐怖主义行为，世界受到了破灭性的打击。

然而，这也只不过是迈向真正的破灭的征兆而已。

剩下的时间是100年。

为了回避灭亡，人类开始计划脱出地球。

为了完成这个计划制定了两个计划。

第一，设立实行计划本身的“地球统一政府”。

他们以完成地球脱出为最优先目标，打出了牺牲小我完成大我的方针。

强制性整顿人才。以军事镇压妨碍世界政府设立的国家与团体。

此外，以压倒性的武力镇压由于人种・宗教・食物・能源产生的所有问题。

第二，地球脱出计划的根本“Helix计划”。

人类必须入手为了移民的宇宙船建造以及使得在宇宙空间的长期生存成为可能所需要的技术力，但留给他们的时间只有短短的100年。

他们通过制造出能使计划的实现成为可能的超人类解决了本不可能实现的这个计划――实施了基因改良、获得了高超智能与长生不老的肉体的新人类「Helix」。

其后99年的时光流逝——

有一个作为地球脱出计划的中心成员活跃的Helix的少女。

将作为人类的一切献给了研究，结束了工作的她留在空无一人的地球，渴望着平稳地度过余生。

然后，还有一个统一军派遣到她身边的青年。

他的工作是守护少女，以及，拘束她的自由。

故事开始于2人的邂逅。

燃尽了一切的星球与少女之间的小小的故事。