紧接前作《刺客信条II》 ，调酒师戴斯蒙德·迈尔斯与其余三名现代刺客露西·斯提尔曼、肖恩·黑斯廷斯、瑞贝卡·科瑞尔逃离圣殿骑士团的追击后到达意大利城市蒙特里久尼。以已荒废的奥迪托雷庄园地下室作为新的藏身之所，戴斯蒙德·迈尔斯再次使用基因记忆追溯机器“Animus 2.0”，再度进入其刺客祖先艾吉奥·奥迪托雷的记忆。

刺客信条：兄弟会